Les Bonsaï sont habituellement regroupés en trois catégories concernant leur dimensions, de nombreux noms japonais distinguent avec précision les différents paliers, mais on compte souvent « le nombre de mains » qu’il faut pour porter le bonsaï, ainsi :
La culture est plus délicate que pour un arbre plus grand, le pot à bonsaï étant de petite taille, la terre va s’assécher très rapidement et demande un soin constant, en été par exemple où il nécessite plusieurs arrosages par jour.
On pense souvent que les bonsaï sont obtenus à partir d'arbres spécifiques à cet art. Il est vrai que certains arbres sont plus couramment utilisés, notamment les essences d'arbres à petites feuilles à l'état naturel (qui seront donc plus simple à nanifier par la suite que d'autres) mais un bonsaï peut être créé à partir de n'importe quelle essence d'arbre ou de buisson. Les essences les plus classiques sont les pins noirs japonais (Pinus thunbergii), les pins à cinq aiguilles (Pinus pentaphylla ou Pinus parviflora au Japon), les genévriers (Juniperus chinensis var. Sargentii), les ormes de Chine et les érables japonais.
En général, on utilise des variétés à petites feuilles, fleurs et fruits. À noter que si certaines techniques permettent de réduire la taille des feuilles, celle des fleurs et des fruits n'est jamais modifiable.